El Fortín Picún Leufú fue creado el 1 de diciembre de 1882 por el coronel Enrique Godoy, quien participó en diversas acciones contra los indígenas durante la Conquista del Desierto y posteriormente fue gobernador de la provincia de San Juan. Un año más tarde, ya promovido a general, Godoy cambió el nombre del puesto a “Cabo Alarcón”, en homenaje a un cabo que, sirviendo bajo sus órdenes, murió en combate contra los indígenas.
El fortín contaba con una dotación permanente de 20 soldados y constituía un paso obligado hacia la Cordillera de los Andes, entre lo que hoy son las ciudades de Neuquén y Bariloche.
A partir de 1908, la población comenzó a agruparse unos 18 km al oeste, y en 1912 se llevó a cabo la primera relocalización de habitantes e infraestructura con el traslado de la escuela local, la comisaría y el palomar militar.
En 1915, la construcción de la nueva vía férrea, que excluyó a Picún Leufú y fue proyectada hacia Zapala, determinó el destino del poblado. Finalmente, el 12 de diciembre de 1940, se produjo una segunda fundación mediante el decreto N.º 79.488, firmado por el entonces presidente de la Nación, Ramón Castillo. El nuevo asentamiento constaba de 36 manzanas, donde se encontraba el centro comunitario en terrenos donados por un particular de la zona.
En 1970, cuando el proyecto de la represa de El Chocón cobró fuerza, se difundió la noticia sobre la necesidad de reubicar el pueblo. Sin embargo, la notificación formal a los habitantes se realizó cuando las obras ya estaban bastante avanzadas. Entre 1968 y 1969, Hidronor S.A. llevó a cabo la expropiación del territorio, y en 1971 el pueblo quedó sepultado bajo las aguas del embalse del lago Ezequiel Ramos Mexía. La nueva localidad fue trasladada 6 km al oeste del emplazamiento original, y la reubicación se concretó el 12 de diciembre de ese mismo año.